АНАЛІЗ ГЕНОМУ БАКТЕРІЙ Pseudomonas brassicacearum CEARUM S-1 — АНТАГОНІСТІВ ФІТОПАТОГЕНІВ СІЛЬСЬКОГОСПОДАРСЬКИХ КУЛЬТУР А. А. Муратова, А. Е. Охремчук, Л. М. Валентовіч

Деталі: Перегляди: 335

ISSN 2410-7751 (Друкована версія)
ISSN 2410-776X (Електронна версія)

Ж-л "Biotechnologia Acta" Т. 14, № 2, 2021
С.47-58 , бібліогр. 27, англ.
УДК: 579.25 + 579.252.2
https://doi.org/10.15407/biotech14.02.047

АНАЛІЗ ГЕНОМУ БАКТЕРІЙ Pseudomonas brassicacearum CEARUM S-1 — АНТАГОНІСТІВ ФІТОПАТОГЕНІВ СІЛЬСЬКОГОСПОДАРСЬКИХ КУЛЬТУР

А. А. Муратова, А. Е. Охремчук, Л. М. Валентовіч

Інститут мікробіології НАН Білорусі, Мінськ

Штам Pseudomonas brassicacearum S-1 є основою біопрепарату «Екогрін», який застосовують для захисту від патогенів овочевих та зеленних культур в умовах малооб'ємної гідропоніки.

Метою роботи було секвенування та аналіз нуклеотидної послідовності геному бактерій P. brassicacearum S-1 (код доступу в базі даних ГенБанк CP045701). Методи. Повногеномне секвенування проводили за допомогою приладів MiSeq (Illuminа) та MinION (Oxford Nanopore), для аналізу послідовності геному було використано низку біоінформатичних програм.

Результати. Геном штаму P. brassicacearum S-1 складається з однієї кільцевої хромосоми розміром 6 577 561 пар основ зі вмістом ГЦ-пар 60,8%. Аналіз геному дав змогу виявити гени, які визначають синтез широкого спектру вторинних метаболітів, що становлять біотехнологічний потенціал штаму S-1. Крім того, було визначено локалізацію мобільних генетичних елементів, профагів і коротких повторюваних послідовностей у межах геному штаму S-1.

Висновки. Виявлені генетичні детермінанти синтезу практично значущих сполук вказують на значний потенціал штаму P. brassicacearum S-1 як агента біоконтролю.

Ключові слова: геном, секвенування, Pseudomonas brassicacearum, вторинні метаболіти, біоконтроль.