СТВОРЕННЯ СПЕЦИФІЧНИХ ПРАЙМЕРІВ ДЛЯ АНАЛІЗУ ГЕНА 16S РРНК У ВИЯВЛЕННІ ВИДОВОГО КОМПЛЕКСУ Ralstonia solanacearum Н. Грицева, Л. Сківка

Деталі: Категорія: 3_2022(ua); Перегляди: 214

ISSN 2410-7751 (Друкована версія)
ISSN2410-776X (Електронна версія)

Biotechnologia Acta Т. 15, №. 3, 2022
C. 5-12. Bibliography 33, Engl.
УДК: 579.64; 604; 632.3
https://doi.org/10.15407/biotech15.03.005

СТВОРЕННЯ СПЕЦИФІЧНИХ ПРАЙМЕРІВ ДЛЯ АНАЛІЗУ ГЕНА 16S РРНК У ВИЯВЛЕННІ ВИДОВОГО КОМПЛЕКСУ Ralstonia solanacearum

Н. Грицева^{1, 2}, Л. Сківка¹

¹Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна
² ТОВ «Сингента», Київ, Україна

Представники видового комплексу Ralstonia solanacearum (RSSC) є збудниками судинного в’янення більше ніж 450 видів сільськогосподарських культур, включаючи пасльонові рослини, такі як картопля, помідори, болгарський перець, баклажани тощо. Ці фітопатогени спричиняють серйозні втрати врожаю переважно пасльонових культур, які вирощують у регіонах світу з тропічним, субтропічним та помірним кліматом. Втрати врожаю коливаються від 80 до 100% для картоплі, до 91% для помідорів, 10–30% для тютюну, 33–90% для бананів, знижуючи продуктивність і врожайність зазначених культур. ПЛР є специфічним, чутливим та економічно ефективним методом для виявлення та ідентифікації представників RSSC.

Мета. Порівняння специфічності стандартно використовуваної суміші праймерів для виявлення представників RSSC методом ПЛР з парами новостворених видоспецифічних праймерів для зручності використання в діагностичній лабораторії.

Матеріали та методи. Консервативні геномні ділянки послідовностей 16S рРНК R. solanacearum, R. pseudosolanacearum і R. syzygii було відібрано для створення праймерів. Видоспецифічність новостворених праймерів перевіряли за допомогою ПЛР з використанням ДНК двох цільових і 12 нецільових штамів бактерій.

Результати. Три пари новостворених праймерів Rs-28(F)/Rs-193(R), Rs-28(F)/OLI-160(R), Rs28 (F)/OlI248(R) продукували специфічні фрагменти для штамів бактерій Ralstonia solanacearum: 166 пн, 132 пн і 220 пн. Жодних продуктів ПЛР не було отримано під час ампліфікації з негативним контролем або нецільовими матрицями ДНК з інших видів бактерій.

Висновок. Створені праймери можна використовувати для розроблення ПЛР тест-системи з метою якісного та кількісного виявлення представників RSSC.

Ключові слова: ПЛР, Ralstonia solanacearum, RSSC, бактерійне в’янення.