ДЕТЕКЦІЯ СУЛЬФАТВ ІДНОВЛЮВ АЛЬНИХ БАКТЕРІЙ У РІЗНИХ ЕКОТОПАХ МЕТОДОМ ПЛР У РЕЖИМІ РЕАЛЬНОГО ЧАСУ Д. Р. Абдуліна, Г. О. Іутинська, А. І. Аніскіна, М. М. Нікітін

Деталі: Перегляди: 511

ISSN 2410-7751 (Друкований варіант)
ISSN 2410-776X (Електронна версія)

Ж-л Biotechnologia Acta Т. 13, № 2, 2020
С. 38-47, бібліогр. 22, англ.
УДК: 579.63:577.29
https://doi.org/10.15407/biotech13.02.038

ДЕТЕКЦІЯ СУЛЬФАТВ ІДНОВЛЮВ АЛЬНИХ БАКТЕРІЙ У РІЗНИХ ЕКОТОПАХ МЕТОДОМ ПЛР У РЕЖИМІ РЕАЛЬНОГО ЧАСУ

Д. Р. Абдуліна¹, Г. О. Іутинська¹, А. І. Аніскіна², М. М. Нікітін²

¹Інститут мікробіології і вірусології ім. Д. К. Заболотного НАН України, Київ, Україна
²ТОВ ГенБіт, Москва, Російська Федерація

Проведено дослідження ефективності виявлення сульфатвідновлювальних бактерій у різних екотопах мікробіологічним (культуральним методом граничних розведень) та молекулярно-біологічним (ПЛР у режимі реального часу) методом за допомогою розроблених тест-систем на ліофілізованих кремнієвих мікрочипах. Було використано тест-системи DSRM та SRB2 для виявлення функціонального гену dsrA, що кодує один із ключових ензимів процесу диссиміляційної сульфатредукції — дисиміляційну сульфітредуктазу. Встановлено, що гранично визначені титри сульфатвідновлювальних бактерій у водних зразках становили 10⁴ клітин/мл води, у грунтових — від 10² до 10⁵ кл/г абсолютно сухого ґрунту. В природних та техногенних зразках кількість сульфатвідновлювальних бактерій, що було визначено мікробіологічним методом, корелювало з розрахованими значеннями титрів, визначеними за допомогою молекулярно-біологічного методу, коефіцієнти Пірсона становили r = 0,41–0,69 (k = 11, P ≤ 0,01–0,05). Таким чином, ПЛР у реальному часі з розробленими тест-системами на кремієвих мікрочипах є надійним та якісним експрес-методом для детекції сульфатвідновлювальних бактерій у різних природних та техногенних екотопах.

Kлючові слова: dsrA ген, тест-системи, сульфатвідновлювальні бактерії, біокорозія, ПЛР у режимі реального часу.