Biotechnologia Acta

...

  • Збільшення розміру шрифта
  • Звичайний розмір шрифта
  • Зменшити розмір шрифта
Home Архив 2021 № 1 ПОЕТАПНА ІНТЕГРАЦІЯ НАЯВНИХ У ВІДКРИТОМУ ДОСТУПІ ДАНИХ МІКРОМАСИВ-ЕКСПЕРИМЕНТІВ ДЛЯ АНАЛІЗУ ДИФЕРЕНЦІЙНОЇ ЕКСПРЕСІЇ ГЕНІВ У ПЛАЦЕНТІ ЛЮДИНИ О. Лихенко, А. Фролова, М. Оболенська
Друк PDF

ISSN 2410-7751 (Друкована версія)
ISSN 2410-776X (Електронна версія)


Ж-л "Biotechnologia Acta" Т. 14, № 1 , 2021
С. 38-45, бібліогр. 22, англ.
УДК: 577.218
https://doi.org/10.15407/biotech14.01.38

ПОЕТАПНА ІНТЕГРАЦІЯ НАЯВНИХ У ВІДКРИТОМУ ДОСТУПІ ДАНИХ МІКРОЧИПІВ ДЛЯ АНАЛІЗУ ДИФЕРЕНЦІЙНОЇ ЕКСПРЕСІЇ ГЕНІВ У ПЛАЦЕНТІ ЛЮДИНИ

О. Лихенко, А. Фролова, М. Оболенська

Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, м. Київ

Метою роботи було навести послідовні етапи оброблення наявних у відкритому доступі даних мікрочипів для проведення їх інтеграції та аналізу диференційної експресії генів.

З відкритих баз даних зібрали дані з генної експресії в плаценті з першого і другого триместрів вагітності людини. Дані нормалізовали, інтегрували їх в єдину матрицю експресії згідно з метаданими і визначили диференційно експерсовані гени.

Початковий код послідовності дій для проведення інтегративного аналізу написаний мовою програмування R і є у відкритому доступі у вигляді репозиторію на GitHub. З використанням інтегративного аналізу виявлено чотири кластери функціонально збагачених диференційно експресованих генів у плаценті людини в інтервалі між першим і другим триместрами вагітності.

Встановлено, що імунні процеси, процеси розвитку, васкулогенез і ангіогенез, сигналінг, а також ті, що пов’язані з іонами цинку, змінюються між першим і другим триместром розвитку плаценти. Запропоновану послідовність дій для проведення інтегративного аналізу можна застосовувати до будь-яких даних, отриманих за допомогою мікрочипів.

Ключові слова: мікромасив, транскриптом, інтегративний аналіз, емпіричний метод Баєса, метааналіз, диференційно експресовані гени, плацента.

© Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, 2021

 

Додаткове меню

Пошук по сайту

Навігація на сайті

Home Архив 2021 № 1 ПОЕТАПНА ІНТЕГРАЦІЯ НАЯВНИХ У ВІДКРИТОМУ ДОСТУПІ ДАНИХ МІКРОМАСИВ-ЕКСПЕРИМЕНТІВ ДЛЯ АНАЛІЗУ ДИФЕРЕНЦІЙНОЇ ЕКСПРЕСІЇ ГЕНІВ У ПЛАЦЕНТІ ЛЮДИНИ О. Лихенко, А. Фролова, М. Оболенська

Запрошення до співпраці

Пані та понове!  Редакція запрошує Вас публікувати свої роботи на сторінках нашого журналу. © Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, 2008. Усі права захищені. Повний або частковий передрук матеріалів журналу тільки з письмового дозволу редакції.
E
-mail для довідок: biotech@biochem.kiev.ua