ISSN 2410-7751 (Печатный вариант)
ISSN 2410-776X (Электронная версия)
Ж-л "Biotechnologia Acta" Т. 14, № 1 , 2021
С. 38-45, библиогр. 22, англ.
УДК: 577.218
https://doi.org/10.15407/biotech14.01.38
О. Лихенко, А. Фролова, М. Оболенская
Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев
Целью работы было изложить последовательные этапы обработки имеющихся в открытом доступе данных с использованием микрочипов для проведения интеграции и анализа дифференциальной экспрессии генов.
Из открытых баз данных собрали данные генной экспрессии в плаценте женщин с первого и второго триместров беременности. Данные нормализовали и интегрировали в единую матрицу экспрессии в соответствии с метаданными и определили дифферениально экспрессированные гены.
Исходный код последовательности действий для проведения интегративного анализа написан на языке программирования R и находится в открытом доступе в виде репозитория на GitHub. При использовании интегративного анализа выявлены четыре кластера функционально обогащенных дифференциально экспрессированных генов в плаценте между первым и вторым триместрами беременности.
Иммунные процессы, процессы развития, васкулогенез и ангиогенез, сигналинг и процессы, связанные с ионами цинка изменяются между первым и вторым триместром развития плаценты. Предложенная последовательность действий для проведения интегративного анализа может быть применена к любым данным, полученным с помощью микрочипов.
Ключевые слова: микромассив, транскриптом, интегративный анализ, эмпирический метод Байеса, метаанализ, дифференциально экспрессированные гены, плацента.
© Институт биохимии им. А. В. Палладина НАН Украины, 2021
| < Предыдущая | Следующая > |
|---|
