Biotechnologia Acta

...

  • Увеличить размер шрифта
  • Размер шрифта по умолчанию
  • Уменьшить размер шрифта
Home Архив 2021 № 1 ПОЭТАПНАЯ ИНТЕГРАЦИЯ ИМЕЮЩИХСЯ В ОТКРЫТОМ ДОСТУПЕ ДАННЫХ МИКРОМАCСИВ ЭКСПЕРИМЕНТОВ ДЛЯ АНАЛИЗА ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ В ПЛАЦЕНТЕ ЧЕЛОВЕКА О. Лихенко, А. Фролова, М. Оболенская
Печать PDF

ISSN 2410-7751 (Печатный вариант)
ISSN 2410-776X (Электронная версия)


Ж-л "Biotechnologia Acta" Т. 14, № 1 , 2021
С. 38-45, библиогр. 22, англ.
УДК: 577.218
https://doi.org/10.15407/biotech14.01.38

ПОЭТАПНАЯ ИНТЕГРАЦИЯ ИМЕЮЩИХСЯ В ОТКРЫТОМ ДОСТУПЕ
ДАННЫХ МИКРОЧИПОВ ДЛЯ АНАЛИЗА ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ В ПЛАЦЕНТЕ ЧЕЛОВЕКА

О. Лихенко, А. Фролова, М. Оболенская

Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев

Целью работы было изложить последовательные этапы обработки имеющихся в открытом доступе данных с использованием микрочипов для проведения интеграции и анализа дифференциальной экспрессии генов.

Из открытых баз данных собрали данные генной экспрессии в плаценте женщин с первого и второго триместров беременности. Данные нормализовали и интегрировали в единую матрицу экспрессии в соответствии с метаданными и определили дифферениально экспрессированные гены.

Исходный код последовательности действий для проведения интегративного анализа написан на языке программирования R и находится в открытом доступе в виде репозитория на GitHub. При использовании интегративного анализа выявлены четыре кластера функционально обогащенных дифференциально экспрессированных генов в плаценте между первым и вторым триместрами беременности.

Иммунные процессы, процессы развития, васкулогенез и ангиогенез, сигналинг и процессы, связанные с ионами цинка изменяются между первым и вторым триместром развития плаценты. Предложенная последовательность действий для проведения интегративного анализа может быть применена к любым данным, полученным с помощью микрочипов.

Ключевые слова: микромассив, транскриптом, интегративный анализ, эмпирический метод Байеса, метаанализ, дифференциально экспрессированные гены, плацента.

© Институт биохимии им. А. В. Палладина НАН Украины, 2021

 

Дополнительное меню

Поиск по сайту

Навигация на сайте

Home Архив 2021 № 1 ПОЭТАПНАЯ ИНТЕГРАЦИЯ ИМЕЮЩИХСЯ В ОТКРЫТОМ ДОСТУПЕ ДАННЫХ МИКРОМАCСИВ ЭКСПЕРИМЕНТОВ ДЛЯ АНАЛИЗА ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ В ПЛАЦЕНТЕ ЧЕЛОВЕКА О. Лихенко, А. Фролова, М. Оболенская

Приглашение к сотрудничеству

Господа! Редакция приглашает Вас публиковать свои работы на страницах нашего журнала. © Институт биохимии им. А. В. Палладина НАН Украины. Все права защищены. Полная или частичная перепечатка материалов журнала только с письменного разрешения редакции. E-mail для справок: biotech@biochem.kiev.ua